2016年 第38卷 第6期
2016, 38(6): 1-7.
doi: 10.3969/j.issn.0253-4193.2016.06.001
摘要:
本文以SPOT6 高空间分辨率遥感影像为数据源,通过植被覆盖度和地上生物量两个参数进行滩涂湿地入侵种互花米草植株高度的估算研究。结果表明,三沙湾滩涂湿地互花米草植株高度平均值为2.04 m,以1~2 m和2~3 m植株为主要分布高度,分布面积分别为6.83 km2和10.31 km2,占研究区互花米草总面积的33.83%和51.06%,小于1 m和大于3 m的互花米草仅占9.26%和5.84%。估算值与真实值之间的均方根误差为0.204,绝对误差为0.04~0.37 m。该方法是对高空间分辨率光学影像应用研究的重要尝试,其反演方法具有较好的可行性,可较为准确的获取滩涂湿地植株高度信息。
本文以SPOT6 高空间分辨率遥感影像为数据源,通过植被覆盖度和地上生物量两个参数进行滩涂湿地入侵种互花米草植株高度的估算研究。结果表明,三沙湾滩涂湿地互花米草植株高度平均值为2.04 m,以1~2 m和2~3 m植株为主要分布高度,分布面积分别为6.83 km2和10.31 km2,占研究区互花米草总面积的33.83%和51.06%,小于1 m和大于3 m的互花米草仅占9.26%和5.84%。估算值与真实值之间的均方根误差为0.204,绝对误差为0.04~0.37 m。该方法是对高空间分辨率光学影像应用研究的重要尝试,其反演方法具有较好的可行性,可较为准确的获取滩涂湿地植株高度信息。
2016, 38(6): 8-20.
doi: 10.3969/j.issn.0253-4193.2016.06.002
摘要:
大河影响下的陆架边缘海沉积有机碳的分布和来源是全球碳循环研究的重要内容。本研究于2012年5月采集了渤海海域的29个表层沉积物样品,分析了粒度组成、总有机碳(TOC)、总氮(TN)、木质素含量和稳定碳同位素丰度(δ13C)等参数,结合基于蒙特卡洛模拟的三端元混合模型,定量研究了沉积物中有机碳的分布和来源情况,并讨论了其影响因素。结果表明,研究区域表层沉积物中TOC含量为0.19%~0.81%,渤海中部泥质区站位(大于0.65%)明显高于其周围砂质区域站位(小于0.40%);TOC与黏土含量也有显著的正相关性,说明细颗粒沉积物容易富集有机碳。沉积有机碳的δ13C范围为-23.7‰~-21.8‰,显示沉积有机碳是海源和陆源有机碳的混合输入。木质素参数,如C/V、S/V和LPVI的数值范围显示研究区域表层沉积物中木质素主要来源于被子植物草本组织与木本组织的混合,同时有少量裸子植物的贡献。基于蒙特卡洛模拟的三端元混合模型显示研究区域沉积物中有机碳主要来源于海洋浮游植物,平均为64%,陆源有机碳中来自土壤的贡献最高(平均为27%),C3维管植物的贡献较少(平均为9%)。海洋浮游植物有机碳主要分布在渤海中部泥质区及离岸较远的区域,而土壤有机碳和C3维管植物有机碳则主要沉积在河口附近及近岸区,并可以离岸输运到较远的地方。
大河影响下的陆架边缘海沉积有机碳的分布和来源是全球碳循环研究的重要内容。本研究于2012年5月采集了渤海海域的29个表层沉积物样品,分析了粒度组成、总有机碳(TOC)、总氮(TN)、木质素含量和稳定碳同位素丰度(δ13C)等参数,结合基于蒙特卡洛模拟的三端元混合模型,定量研究了沉积物中有机碳的分布和来源情况,并讨论了其影响因素。结果表明,研究区域表层沉积物中TOC含量为0.19%~0.81%,渤海中部泥质区站位(大于0.65%)明显高于其周围砂质区域站位(小于0.40%);TOC与黏土含量也有显著的正相关性,说明细颗粒沉积物容易富集有机碳。沉积有机碳的δ13C范围为-23.7‰~-21.8‰,显示沉积有机碳是海源和陆源有机碳的混合输入。木质素参数,如C/V、S/V和LPVI的数值范围显示研究区域表层沉积物中木质素主要来源于被子植物草本组织与木本组织的混合,同时有少量裸子植物的贡献。基于蒙特卡洛模拟的三端元混合模型显示研究区域沉积物中有机碳主要来源于海洋浮游植物,平均为64%,陆源有机碳中来自土壤的贡献最高(平均为27%),C3维管植物的贡献较少(平均为9%)。海洋浮游植物有机碳主要分布在渤海中部泥质区及离岸较远的区域,而土壤有机碳和C3维管植物有机碳则主要沉积在河口附近及近岸区,并可以离岸输运到较远的地方。
2016, 38(6): 21-31.
doi: 10.3969/j.issn.0253-4193.2016.06.003
摘要:
星斑川鲽是优良的鲆鲽鱼类种质之一,在鲆鲽鱼类养殖产业中具有重要的地位。本研究初次收集了分布于山东半岛的4个养殖群体(日照、胶南、威海和蓬莱)的350尾亲鱼,分别测量了100尾雌雄亲鱼的体长和体质量,拟合了雌雄性亲鱼体质量和体长幂函数关系,分别为:y=0.034 2x2.843 6 (R2=0.565)和y=0.075 9x2.533 4(R2=0.753 8)。利用其中成熟的55尾雄鱼和46尾雌鱼进行人工繁殖,雌鱼平均产卵次数为4.39次、雄鱼产精次数为2.36次。其中25个杂交组合繁殖成功,建立了29个半同胞和全同胞家系。在家系生长到150 d时,对1 640尾鱼苗体质量、全长、体长和体宽4个性状进行测量。利用最小范数二次无偏估计法(MINQUE)对以上性状的方差组分进行估计,利用"加－显性"模型对生长性状遗传力进行估计,采用线性无偏预测法(Linear Unbiased Prediction,LUP)预测亲本的加性和显性遗传效应。结果显示:4个性状的遗传相关系数为0.809~0.999(P<0.01)。体质量、全长、体长和体宽4个性状的加性、显性方差分量都达到极显著水平(P<0.01),狭义遗传率为0.311~0.444(P<0.01),广义遗传率为0.377~0.525(P<0.01)。加性遗传效应预测显示:31个亲本中的6个在4个性状上同时具有极显著的正向效应(P<0.01),10个亲本具有极显著(P<0.01)或显著(P<0.05)的负向效应。显性随机效应预测显示:25个杂交组合中6个具极显著正向效应(P<0.01),8个具有极显著负向效应(P<0.01)。研究结果首次为星斑川鲽家系建立和优良苗种培育筛选出了优良的亲本和杂交组合,同时为星斑川鲽的选择育种提供了丰富的遗传指标。
星斑川鲽是优良的鲆鲽鱼类种质之一,在鲆鲽鱼类养殖产业中具有重要的地位。本研究初次收集了分布于山东半岛的4个养殖群体(日照、胶南、威海和蓬莱)的350尾亲鱼,分别测量了100尾雌雄亲鱼的体长和体质量,拟合了雌雄性亲鱼体质量和体长幂函数关系,分别为:y=0.034 2x2.843 6 (R2=0.565)和y=0.075 9x2.533 4(R2=0.753 8)。利用其中成熟的55尾雄鱼和46尾雌鱼进行人工繁殖,雌鱼平均产卵次数为4.39次、雄鱼产精次数为2.36次。其中25个杂交组合繁殖成功,建立了29个半同胞和全同胞家系。在家系生长到150 d时,对1 640尾鱼苗体质量、全长、体长和体宽4个性状进行测量。利用最小范数二次无偏估计法(MINQUE)对以上性状的方差组分进行估计,利用"加－显性"模型对生长性状遗传力进行估计,采用线性无偏预测法(Linear Unbiased Prediction,LUP)预测亲本的加性和显性遗传效应。结果显示:4个性状的遗传相关系数为0.809~0.999(P<0.01)。体质量、全长、体长和体宽4个性状的加性、显性方差分量都达到极显著水平(P<0.01),狭义遗传率为0.311~0.444(P<0.01),广义遗传率为0.377~0.525(P<0.01)。加性遗传效应预测显示:31个亲本中的6个在4个性状上同时具有极显著的正向效应(P<0.01),10个亲本具有极显著(P<0.01)或显著(P<0.05)的负向效应。显性随机效应预测显示:25个杂交组合中6个具极显著正向效应(P<0.01),8个具有极显著负向效应(P<0.01)。研究结果首次为星斑川鲽家系建立和优良苗种培育筛选出了优良的亲本和杂交组合,同时为星斑川鲽的选择育种提供了丰富的遗传指标。
2016, 38(6): 32-40.
doi: 10.3969/j.issn.0253-4193.2016.06.004
摘要:
利用电感耦合等离子质谱ICP-MS元素分析方法,测定了黄、渤海125尾小黄鱼的耳石元素指纹图谱,共检测到Mg、Al、Mn、Cu、Zn、Sr、Ba、Ca等8种指纹元素。不同采样站位小黄鱼耳石元素含量均存在显著性差异,线性判别分析可以有效识别不同站位的小黄鱼群体,判别成功率为65%~96%,整体判别成功率为86%。基于耳石元素指纹图谱特征进行聚类分析,可以将黄、渤海小黄鱼早期补充群体划分为渤海种群、黄海中部种群和南黄海种群,其中黄海中部种群站位交叉明显。
利用电感耦合等离子质谱ICP-MS元素分析方法,测定了黄、渤海125尾小黄鱼的耳石元素指纹图谱,共检测到Mg、Al、Mn、Cu、Zn、Sr、Ba、Ca等8种指纹元素。不同采样站位小黄鱼耳石元素含量均存在显著性差异,线性判别分析可以有效识别不同站位的小黄鱼群体,判别成功率为65%~96%,整体判别成功率为86%。基于耳石元素指纹图谱特征进行聚类分析,可以将黄、渤海小黄鱼早期补充群体划分为渤海种群、黄海中部种群和南黄海种群,其中黄海中部种群站位交叉明显。
2016, 38(6): 41-50.
doi: 10.3969/j.issn.0253-4193.2016.06.005
摘要:
基因组大小(或称C值)作为生物单倍体细胞中全套染色体的DNA总量,在一定程度上是恒定的,因而C值可以作为生物物种的一个特定参数。深海热液和冷泉为更好地理解C值与不同环境之间的关系提供了一个特征性的模型。本文采用流式细胞术,测定了来自热液和冷泉环境中的10种深海无脊椎动物的C值,其分布范围从0.87 pg到12.28 pg,其中,相比于软体动物和多毛类,甲壳生物基因组大小及变异均较大。对比热液和冷泉两个群落中共有种(深海偏顶蛤Bathymodiolus platifrons、柯氏潜铠虾Shinkaia crosnieri以及长角阿尔文虾Alvinocaris longirostris)的基因组大小,发现C值差异并不显著。同时,综合已有的数据,对深海化能极端环境与其他环境条件下的物种C值进行对比分析,结果显示深海化能极端环境下生物的基因组大小并没有发现明确的变化趋势。
基因组大小(或称C值)作为生物单倍体细胞中全套染色体的DNA总量,在一定程度上是恒定的,因而C值可以作为生物物种的一个特定参数。深海热液和冷泉为更好地理解C值与不同环境之间的关系提供了一个特征性的模型。本文采用流式细胞术,测定了来自热液和冷泉环境中的10种深海无脊椎动物的C值,其分布范围从0.87 pg到12.28 pg,其中,相比于软体动物和多毛类,甲壳生物基因组大小及变异均较大。对比热液和冷泉两个群落中共有种(深海偏顶蛤Bathymodiolus platifrons、柯氏潜铠虾Shinkaia crosnieri以及长角阿尔文虾Alvinocaris longirostris)的基因组大小,发现C值差异并不显著。同时,综合已有的数据,对深海化能极端环境与其他环境条件下的物种C值进行对比分析,结果显示深海化能极端环境下生物的基因组大小并没有发现明确的变化趋势。
2016, 38(6): 51-61.
doi: 10.3969/j.issn.0253-4193.2016.06.006
摘要:
本研究利用线粒体16S rDNA和核基因18S rDNA片段,对泰国沿海常见的有毒水母进行遗传分析,并比较了2个基因片段作为通用分子标记,在研究水母类多个纲的遗传多样性中的应用。研究发现,泰国近海的有毒水母存在较高的遗传多样性,所获得的32个样品可以分为9个种,包括4种钵水母、4种立方水母和1种水螅水母。然而,完全确定各种的分类地位,还需要更多的形态、生活史等方面信息。两个基因片段均能明确区分各种类,但核基因18S序列比线粒体基因片段更为保守。根据16S基因片段序列计算水母种内和种间的K2P(Kimura 2-parameter)遗传距离,发现所研究的9个水母种类,种内遗传距离在0~0.050之间,其中94%的种内遗传距离小于0.040,同纲种间的遗传距离为0.204~0.474,其中91%的种间遗传距离大于0.250;而利用18S基因,种内距离在0~0.002之间,同纲种间距离为0.008~0.066(平均为0.038,SE=0.006)。16S的AT碱基含量明显高于核基因18S,且16S的碱基含量在不同纲之间有显著差异,进一步表明水母线粒体16S基因的突变率相对较高,适合研究水母较低分类阶元以及种下的遗传差异。
本研究利用线粒体16S rDNA和核基因18S rDNA片段,对泰国沿海常见的有毒水母进行遗传分析,并比较了2个基因片段作为通用分子标记,在研究水母类多个纲的遗传多样性中的应用。研究发现,泰国近海的有毒水母存在较高的遗传多样性,所获得的32个样品可以分为9个种,包括4种钵水母、4种立方水母和1种水螅水母。然而,完全确定各种的分类地位,还需要更多的形态、生活史等方面信息。两个基因片段均能明确区分各种类,但核基因18S序列比线粒体基因片段更为保守。根据16S基因片段序列计算水母种内和种间的K2P(Kimura 2-parameter)遗传距离,发现所研究的9个水母种类,种内遗传距离在0~0.050之间,其中94%的种内遗传距离小于0.040,同纲种间的遗传距离为0.204~0.474,其中91%的种间遗传距离大于0.250;而利用18S基因,种内距离在0~0.002之间,同纲种间距离为0.008~0.066(平均为0.038,SE=0.006)。16S的AT碱基含量明显高于核基因18S,且16S的碱基含量在不同纲之间有显著差异,进一步表明水母线粒体16S基因的突变率相对较高,适合研究水母较低分类阶元以及种下的遗传差异。
2016, 38(6): 62-68.
doi: 10.3969/j.issn.0253-4193.2016.06.007
摘要:
在f/2全营养培养条件下,采用共培养以及滤液交叉培养的方法研究了中肋骨条藻(Skeletonema costatum)和微小亚历山大藻(Alexandrium minutum)之间的竞争作用,结果表明: 微小亚历山大藻指数生长后期的无藻细胞滤液对中肋骨条藻的生长没有抑制作用,但中肋骨条藻滤液明显抑制了微小亚历山大藻的生长,且抑制作用随着中肋骨条藻滤液比例的增大而增大,他感作用是影响这两种微藻间竞争的重要方式之一;通过向培养基中添加自他感物质标准品15S-hydroxy-5Z,8Z,11Z,13E,17Z-eicosapentaenoic acid (15(S)-HEPE)考察其对中肋骨条藻自身以及微小亚历山大藻生长的影响,发现15(S)-HEPE在中肋骨条藻滤液中并不是能够抑制微小亚历山大藻生长的他感物质,今后应进一步深入分析中肋骨条藻释放的抑制微小亚历山大藻生长的他感物质。
在f/2全营养培养条件下,采用共培养以及滤液交叉培养的方法研究了中肋骨条藻(Skeletonema costatum)和微小亚历山大藻(Alexandrium minutum)之间的竞争作用,结果表明: 微小亚历山大藻指数生长后期的无藻细胞滤液对中肋骨条藻的生长没有抑制作用,但中肋骨条藻滤液明显抑制了微小亚历山大藻的生长,且抑制作用随着中肋骨条藻滤液比例的增大而增大,他感作用是影响这两种微藻间竞争的重要方式之一;通过向培养基中添加自他感物质标准品15S-hydroxy-5Z,8Z,11Z,13E,17Z-eicosapentaenoic acid (15(S)-HEPE)考察其对中肋骨条藻自身以及微小亚历山大藻生长的影响,发现15(S)-HEPE在中肋骨条藻滤液中并不是能够抑制微小亚历山大藻生长的他感物质,今后应进一步深入分析中肋骨条藻释放的抑制微小亚历山大藻生长的他感物质。
2016, 38(6): 69-81.
doi: 10.3969/j.issn.0253-4193.2016.06.008
摘要:
为了探索南极可培养土壤微生物的多样性,本研究对中国第31次南极科学考察采集自南极菲尔德斯半岛的5份土壤样品进行了细菌、真菌的分离培养。选择形态差异较大的细菌和真菌进行了16S rDNA和ITS鉴定及系统发育分析。最终共鉴定得到20个属的33株细菌和6个属的8株真菌,其中8株细菌,10株真菌序列相似性较低,可能是新种。该结果表明南极菲尔德斯半岛地区具有丰富的微生物多样性,其中假单胞菌属的细菌居多。对分离得到的细菌和真菌分别进行理化性质和胞外酶活性鉴定,实验结果显示,分离获得的细菌和真菌绝大多数可产生水解酶类并同化多种碳源。初步认定这些微生物在参与南极物质代谢、适应南极极端环境方面发挥作用。本研究丰富了对南极菲尔德斯半岛可培养土壤微生物多样性的认识,并筛选获得了一些产低温酶特性的菌株,这为极地微生物资源的利用研究奠定了基础。
为了探索南极可培养土壤微生物的多样性,本研究对中国第31次南极科学考察采集自南极菲尔德斯半岛的5份土壤样品进行了细菌、真菌的分离培养。选择形态差异较大的细菌和真菌进行了16S rDNA和ITS鉴定及系统发育分析。最终共鉴定得到20个属的33株细菌和6个属的8株真菌,其中8株细菌,10株真菌序列相似性较低,可能是新种。该结果表明南极菲尔德斯半岛地区具有丰富的微生物多样性,其中假单胞菌属的细菌居多。对分离得到的细菌和真菌分别进行理化性质和胞外酶活性鉴定,实验结果显示,分离获得的细菌和真菌绝大多数可产生水解酶类并同化多种碳源。初步认定这些微生物在参与南极物质代谢、适应南极极端环境方面发挥作用。本研究丰富了对南极菲尔德斯半岛可培养土壤微生物多样性的认识,并筛选获得了一些产低温酶特性的菌株,这为极地微生物资源的利用研究奠定了基础。
2016, 38(6): 82-88.
doi: 10.3969/j.issn.0253-4193.2016.06.009
摘要:
本文分别对雌雄白缘(鱼央)的5S rDNA进行了PCR扩增和序列分析,并采用双色荧光原位杂交(FISH)技术,以白缘(鱼央)的5S rDNA序列和小麦的45S rDNA为探针,对其在白缘(鱼央)雌雄中期染色体上进行了FISH定位研究。结果表明,白缘(鱼央)5S rDNA序列无雌雄差异;5S rDNA的保守区序列为117 bp;5S rDNA和45S rDNA分别被定位于白缘(鱼央)的性染色体和第5号染色体上。同时从GenBank中获得了22种鱼的5S rDNA,运用DNAman软件构建了23种鱼的系统发育树,对白缘(鱼央)的进化地位进行了初步研究。本研究为阐明白缘(鱼央)在鱼类系统进化中的位置、重复序列在脊椎动物性染色体上的分布状况以及与性别决定与分化的关系,提供了资料积累和分析依据。
本文分别对雌雄白缘(鱼央)的5S rDNA进行了PCR扩增和序列分析,并采用双色荧光原位杂交(FISH)技术,以白缘(鱼央)的5S rDNA序列和小麦的45S rDNA为探针,对其在白缘(鱼央)雌雄中期染色体上进行了FISH定位研究。结果表明,白缘(鱼央)5S rDNA序列无雌雄差异;5S rDNA的保守区序列为117 bp;5S rDNA和45S rDNA分别被定位于白缘(鱼央)的性染色体和第5号染色体上。同时从GenBank中获得了22种鱼的5S rDNA,运用DNAman软件构建了23种鱼的系统发育树,对白缘(鱼央)的进化地位进行了初步研究。本研究为阐明白缘(鱼央)在鱼类系统进化中的位置、重复序列在脊椎动物性染色体上的分布状况以及与性别决定与分化的关系,提供了资料积累和分析依据。
2016, 38(6): 89-97.
doi: 10.3969/j.issn.0253-4193.2016.06.010
摘要:
在相同的养殖条件下,从15个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)留种家系中各筛选30尾雌虾,记录60 d内每尾雌虾的产卵时体质量(SW)、产卵量(EN)、卵径(ED)、受精率(FR)、受精卵孵化率(HR)、连续两次产卵间隔时间(SI),分析各家系繁殖性状的差异性和各繁殖性状间的相关性。结果显示,各家系间繁殖相关性状差异显著(P<0.05),其中F415家系SW为55.36 g,显著大于其他家系(P<0.05),F413家系EN最高为26.52万粒,F402家系雌虾产卵FR和HR率均最高分别为83.19%和84.68%,F407、F401家系SI最短分别为5.03 d和5.06 d,以EN>20万粒、SI<9 d、FR>60%、HR>60%为选择标准,筛选出F401、F405、F407、F409、F413、F415六个家系雌虾作为凡纳滨对虾高繁殖力品系培育的亲虾;各繁殖性状中SW与EN间的相关系数为0.260呈极显著相关(P<0.01),EN与FR和HR间的相关系数分别为0.155和0.239呈极显著相关(P<0.01),SI与EN和HR间的相关系数分别为-0.121和-0.078分别呈极显著负相关(P<0.01)和显著负相关(P<0.05)。研究表明,凡纳滨对虾雌虾繁殖性能具有较大的家系选择潜力;在高繁殖力凡纳滨对虾品系培育的过程中应以雌虾平均单次产卵量和连续两次产卵间隔时间作为的选育的目标性状。
在相同的养殖条件下,从15个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)留种家系中各筛选30尾雌虾,记录60 d内每尾雌虾的产卵时体质量(SW)、产卵量(EN)、卵径(ED)、受精率(FR)、受精卵孵化率(HR)、连续两次产卵间隔时间(SI),分析各家系繁殖性状的差异性和各繁殖性状间的相关性。结果显示,各家系间繁殖相关性状差异显著(P<0.05),其中F415家系SW为55.36 g,显著大于其他家系(P<0.05),F413家系EN最高为26.52万粒,F402家系雌虾产卵FR和HR率均最高分别为83.19%和84.68%,F407、F401家系SI最短分别为5.03 d和5.06 d,以EN>20万粒、SI<9 d、FR>60%、HR>60%为选择标准,筛选出F401、F405、F407、F409、F413、F415六个家系雌虾作为凡纳滨对虾高繁殖力品系培育的亲虾;各繁殖性状中SW与EN间的相关系数为0.260呈极显著相关(P<0.01),EN与FR和HR间的相关系数分别为0.155和0.239呈极显著相关(P<0.01),SI与EN和HR间的相关系数分别为-0.121和-0.078分别呈极显著负相关(P<0.01)和显著负相关(P<0.05)。研究表明,凡纳滨对虾雌虾繁殖性能具有较大的家系选择潜力;在高繁殖力凡纳滨对虾品系培育的过程中应以雌虾平均单次产卵量和连续两次产卵间隔时间作为的选育的目标性状。
2016, 38(6): 98-109.
doi: 10.3969/j.issn.0253-4193.2016.06.011
摘要:
本文首次采用RACE技术获得口虾蛄(Oratosquilla oratoria)眼柄部高血糖激素(crustacean hyperglycemic hormone,CHH)基因cDNA全长序列,共2 421 bp,5'UTR长度为180 bp,3'UTR 为1 821 bp,开放阅读框(ORF)长420 bp,编码139个氨基酸。预测蛋白二级结构α-螺旋23.74%,延伸链占23.02%,无规则卷曲占53.24%,预测分子量为15.47 kD,等电点(pI)为7.049。CHH成熟肽包含6个CHH家族中位置保守的Cys残基,C端为GK,推断为ES型CHH基因。聚类分析表明:口虾蛄CHH和十足目CHH聚为同一个分支的两亚群,具有较近的亲缘关系。荧光定量PCR分析结果表明,CHH基因在肠中表达量最高,在眼柄、触角中有较高的表达量,在肌肉中表达量相对较低,在卵巢中表达最低,而在精巢中不表达。
本文首次采用RACE技术获得口虾蛄(Oratosquilla oratoria)眼柄部高血糖激素(crustacean hyperglycemic hormone,CHH)基因cDNA全长序列,共2 421 bp,5'UTR长度为180 bp,3'UTR 为1 821 bp,开放阅读框(ORF)长420 bp,编码139个氨基酸。预测蛋白二级结构α-螺旋23.74%,延伸链占23.02%,无规则卷曲占53.24%,预测分子量为15.47 kD,等电点(pI)为7.049。CHH成熟肽包含6个CHH家族中位置保守的Cys残基,C端为GK,推断为ES型CHH基因。聚类分析表明:口虾蛄CHH和十足目CHH聚为同一个分支的两亚群,具有较近的亲缘关系。荧光定量PCR分析结果表明,CHH基因在肠中表达量最高,在眼柄、触角中有较高的表达量,在肌肉中表达量相对较低,在卵巢中表达最低,而在精巢中不表达。
2016, 38(6): 110-118.
doi: 10.3969/j.issn.0253-4193.2016.06.012
摘要:
文蛤(Meretrix meretrix)是我国重要的滩涂养殖贝类,病害严重影响文蛤增养殖业,研究文蛤的免疫机制有助于解决文蛤的病害问题。C型凝集素(C-type lectin)参与先天免疫,在识别病原相关分子模式和激活体液免疫因子等方面发挥重要作用。本研究检索已构建的文蛤全长cDNA 文库,经过Blast比对得到了文蛤C型凝集素1(Mm-Lec1)基因的全长cDNA序列。Mm-Lec1序列全长586 bp,5'和3'非翻译区(UTR)的长度分别为21 bp和79 bp,开放阅读框长度为486 bp,编码161个氨基酸,分子量为18.65 kD,理论等电点为4.98。预测的氨基酸序列中含有信号肽(Met1-Ser19)、糖识别结构域(CRD)和糖结合位点(QPN)。Mm-Lec1的三级结构是紧凑型,含有β片层结构。同源性分析结果表明,Mm-Lec1与其他物种C型凝集素相似度在20%~32%;邻接法(Neighbor-Joining, NJ)进化树分析结果表明,Mm-Lec1与紫贻贝CTL 6和栉孔扇贝CTL A聚为一支。实时荧光定量分析结果显示,Mm-Lec1在文蛤鳃、肝胰腺、闭壳肌、外套膜、性腺和血细胞中均表达,其中鳃表达量最高,血细胞次之,性腺中表达量最少;在鳗弧菌(Vibrio anguillarum)刺激实验中,6 h时Mm-Lec1在血细胞中的表达量最低,48 h表达量最高,暗示Mm-Lec1参与文蛤抵御细菌入侵的免疫过程。
文蛤(Meretrix meretrix)是我国重要的滩涂养殖贝类,病害严重影响文蛤增养殖业,研究文蛤的免疫机制有助于解决文蛤的病害问题。C型凝集素(C-type lectin)参与先天免疫,在识别病原相关分子模式和激活体液免疫因子等方面发挥重要作用。本研究检索已构建的文蛤全长cDNA 文库,经过Blast比对得到了文蛤C型凝集素1(Mm-Lec1)基因的全长cDNA序列。Mm-Lec1序列全长586 bp,5'和3'非翻译区(UTR)的长度分别为21 bp和79 bp,开放阅读框长度为486 bp,编码161个氨基酸,分子量为18.65 kD,理论等电点为4.98。预测的氨基酸序列中含有信号肽(Met1-Ser19)、糖识别结构域(CRD)和糖结合位点(QPN)。Mm-Lec1的三级结构是紧凑型,含有β片层结构。同源性分析结果表明,Mm-Lec1与其他物种C型凝集素相似度在20%~32%;邻接法(Neighbor-Joining, NJ)进化树分析结果表明,Mm-Lec1与紫贻贝CTL 6和栉孔扇贝CTL A聚为一支。实时荧光定量分析结果显示,Mm-Lec1在文蛤鳃、肝胰腺、闭壳肌、外套膜、性腺和血细胞中均表达,其中鳃表达量最高,血细胞次之,性腺中表达量最少;在鳗弧菌(Vibrio anguillarum)刺激实验中,6 h时Mm-Lec1在血细胞中的表达量最低,48 h表达量最高,暗示Mm-Lec1参与文蛤抵御细菌入侵的免疫过程。
2016, 38(6): 119-129.
doi: 10.3969/j.issn.0253-4193.2016.06.013
摘要:
研究对2011年7月采自印度尼西亚卡利安达岛近岸热泉的样品,进行了细菌和古菌16S rRNA基因和细菌氢酶基因克隆文库的构建、序列测定和多样性分析。结果表明:热泉系统的细菌和古菌由16个门组成,Proteobacteria为热液流体和沉积物的优势类群,丰度分别为59.5%和73.3%,Cyanobacteria为菌苔的优势类群(丰度,56.5%);具有氨氧化作用的Crenarchaeota为古菌的优势类群。热泉系统中,70%以上的种类与海洋细菌的亲缘关系最近,说明该系统具有海洋特性;约20%的种类与陆地热泉中嗜热或中等嗜热细菌的亲缘关系最近,这些种类可能来源于高温地层内部,并参与了铁氧化还原、氢氧化、硫氧化和硝酸还原等过程。热泉系统中,NAD(P)-关联的双向NiFe-氢酶基因和FeFe-氢酶基因的组成分布也受到温度和盐度分布变化的影响。研究为揭示浅海热液系统提供理论参考。
研究对2011年7月采自印度尼西亚卡利安达岛近岸热泉的样品,进行了细菌和古菌16S rRNA基因和细菌氢酶基因克隆文库的构建、序列测定和多样性分析。结果表明:热泉系统的细菌和古菌由16个门组成,Proteobacteria为热液流体和沉积物的优势类群,丰度分别为59.5%和73.3%,Cyanobacteria为菌苔的优势类群(丰度,56.5%);具有氨氧化作用的Crenarchaeota为古菌的优势类群。热泉系统中,70%以上的种类与海洋细菌的亲缘关系最近,说明该系统具有海洋特性;约20%的种类与陆地热泉中嗜热或中等嗜热细菌的亲缘关系最近,这些种类可能来源于高温地层内部,并参与了铁氧化还原、氢氧化、硫氧化和硝酸还原等过程。热泉系统中,NAD(P)-关联的双向NiFe-氢酶基因和FeFe-氢酶基因的组成分布也受到温度和盐度分布变化的影响。研究为揭示浅海热液系统提供理论参考。
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